(1) Başkanlığın hizmet birimleri şunlardır:
a) Orta Asya ve Kafkaslar Dairesi Başkanlığı.
b) Balkanlar ve Doğu Avrupa Dairesi Başkanlığı.
c) Ortadoğu ve Afrika Dairesi Başkanlığı.
ç) Doğu ve Güney Asya, Pasifik ve Latin Amerika Dairesi Başkanlığı.
d) Dış İlişkiler ve Ortaklıklar Dairesi Başkanlığı.
e) Strateji Geliştirme Dairesi Başkanlığı.
f) Personel ve Destek Hizmetleri Dairesi Başkanlığı.
g) Hukuk Müşavirliği.
(2) Birinci fıkranın (a), (b), (c) ve (ç) bentlerinde belirtilen Daire Başkanlıklarının görev alanına giren ülkeler Başkan tarafından belirlenir. Bu Daire Başkanlıkları, görev alanlarına giren ülkelerle sınırlı olarak Ajansın görevleri ile Başkan tarafından verilen diğer görevleri yerine getirir.
(3) Dış İlişkiler ve Ortaklıklar Dairesi Başkanlığının görevleri şunlardır:
a) Birden fazla ülke ve bölgeyi ilgilendiren program, proje ve faaliyetler için Ajansın görevlerini, ilgili Daire Başkanlıkları ile işbirliği içinde yerine getirmek.
b) Kalkınma yardımları ile teknik destek ve insani yardımları, sivil toplum kuruluşları ve gönüllü kuruluşlarla işbirliği halinde geliştirmek ve uygulamak.
c) Uluslararası kuruluşlar ve diğer ülkelerin kalkınma teşkilatları ile işbirliği yapmak, ortak finansman ve benzeri yöntemlerle program, proje ve faaliyetler geliştirmek ve uygulamak.
ç) Başkan tarafından verilen benzeri diğer görevleri yapmak.
(4) Strateji Geliştirme Dairesi Başkanlığının görevleri şunlardır:
a) 10/12/2003 tarihli ve 5018 sayılı Kamu Malî Yönetimi ve Kontrol Kanunu, 22/12/2005 tarihli ve 5436 sayılı Kanun ve diğer mevzuatla strateji geliştirme ve mali hizmetler birimlerine verilen görevleri yürütmek.
b) 9/10/2003 tarihli ve 4982 sayılı Bilgi Edinme Hakkı Kanununa göre Başkanlığa yapılacak başvuruların etkin, doğru ve süresinde sonuçlanmasını sağlamak için gerekli çalışmaları yapmak.
c) Başkan tarafından verilen benzeri diğer görevleri yapmak.
(5) Personel ve Destek Hizmetleri Dairesi Başkanlığının görevleri şunlardır:
a) Başkanlığın insan kaynakları politikasını ve planlamasını yapmak.
b) Başkanlık personelinin atama, nakil, disiplin, terfi, ücret, sağlık, emeklilik ve benzeri özlük işlemlerini yürütmek.
c) Başkanlığın eğitim planını hazırlamak, hizmet öncesi ve hizmet içi eğitim programlarını düzenlemek, uygulamak ve değerlendirmek.
ç) 5018 sayılı Kanunda yer alan esaslar çerçevesinde Başkanlığın birimleri ile yurtdışındaki ofislerinin ihtiyacı olan her türlü yapım, satın alma, kiralama, bakım ve onarım, ulaştırma ve benzeri idari ve mali hizmetleri yürütmek.
d) Evrak bilişim ve yönetim sistemini, e-Devlet uygulaması çerçevesinde genel evrak ve dokümantasyon hizmetlerini temin etmek, yürütmek, güncellemek ve yerine getirilmesini denetlemek.
e) Başkanlık kütüphane ve arşiv hizmetlerini yürütmek.
f) Başkanlık sivil savunma ve seferberlik hizmetlerini planlamak ve yürütmek.
g) Başkanlığın birimleri ile yurtdışındaki ofislerinin bilgi teknolojileri altyapısını kurmak, işletmek, bakım ve onarımlarını yapmak veya yaptırmak, bunlara ait hizmetleri ilgili birimler ile yürütmek, bilgi işlem projeleri ile ilgili birimler arasında koordinasyon ve işbirliğini sağlamak, bilişim teknolojisindeki gelişmelere uygun yazılımları üretmek veya sağlamak.
ğ) Başkan tarafından verilen benzeri diğer görevleri yapmak.
(6) Hukuk Müşavirliğinin görevleri şunlardır:
a) 26/9/2011 tarihli ve 659 sayılı Genel ve Özel Bütçeli İdarelerde Hukuk Hizmetlerinin Yürütülmesine İlişkin Kanun Hükmünde Kararname hükümlerine göre hukuk birimlerine verilen görevleri yapmak.
b) Başkan tarafından verilen diğer görevleri yapmak.