Başkanlığın en üst amiri olan Başkan, Başkanlık icraatından ve emri altındakilerin faaliyet ve işlemlerinden Yönetim Kuruluna karşı sorumlu olup aşağıdaki görev, yetki ve sorumluluklara sahiptir:
a) Kurumu; Anayasaya, kanunlara, Cumhurbaşkanınca belirlenen politika ve stratejilere uygun olarak yönetmek.
b) Kurumun görev alanına giren hususlarda politika ve strateji geliştirme çalışmaları yapmak, bunlara uygun yıllık amaç ve hedefler oluşturmak, performans ölçütleri belirlemek, Başkanlığın bütçesini hazırlamak, gerekli yasal ve idarî düzenleme çalışmalarını yapmak, belirlenen stratejiler, amaçlar ve performans ölçütleri doğrultusunda uygulamayı koordine etmek, izlemek ve değerlendirmek.
c) Kurumun faaliyetlerini ve işlemlerini denetlemek, yönetim sistemlerini gözden geçirmek, kurumsal yapı ile yönetim süreçlerinin etkililiğini gözetmek ve yönetimin geliştirilmesini sağlamak.
ç) Yönetim Kurulu kararlarının uygulanmasını sağlamak.
d) Adlî ve idarî makamlara, gerçek ve tüzel kişilere karşı Kurumu temsil etmek.
e) Kurumsal etik kuralları belirleyerek personele ve Kurumun ilişkili olduğu taraflara duyurmak ve personelin bu kurallara uygun hareket etmesini sağlamak.
f) 213 sayılı Vergi Usul Kanunu uyarınca belirlenen yeniden değerleme oranı kadar her yıl artırılmak üzere bedeli 5502 sayılı Kanunun mülga 7 nci maddesine göre belirlenmiş olan ve yeniden değerleme oranına göre güncellenen miktara kadar olan; kiraya verme, satış, alım, devir, takas, inşaat, taşınmazların ferağı, yapım ve diğer işlere ilişkin sözleşmeler hakkında karar vermek, ihale komisyonu kararlarını onaylamak, yukarıda belirtilen miktarın üzerinde olanlar için Yönetim Kuruluna öneride bulunmak ve kendi limitleri dâhilinde merkez ve taşra teşkilâtının harcama sınırlarını belirlemek.
g) Ödeme tarihi altı aydan daha uzun süre gecikmiş ve Yönetim Kurulu tarafından her yıl için belirlenecek tutardan daha fazla prim borcu olan işverenleri, yönetmelikle belirlenen usul ve esaslara göre her yıl kamuoyuna açıklamak.
ğ) Kurumun faaliyet alanına giren konularda diğer kurum ve kuruluşlarla işbirliği ve koordinasyonu sağlamak.