‒ (1) Yönetim Kurulu; Tarım ve Orman Bakanlığı Bakan Yardımcısının Başkanlığında, Enstitü Başkanı, Enstitü Başkan Yardımcısı, Politika Geliştirme Koordinatörü, Proje Geliştirme ve Uygulama Koordinatörü ile Çevre, Şehircilik ve İklim Değişikliği Bakanlığı, Dışişleri Bakanlığı, Enerji ve Tabii Kaynaklar Bakanlığı, Su Yönetimi Genel Müdürlüğü, Devlet Su İşleri Genel Müdürlüğü, Meteoroloji Genel Müdürlüğü ve Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu temsilcilerinden oluşur.
(2) Yönetim Kurulunun görev ve yetkileri şunlardır:
a) Yönlendirme Komitesinin belirlediği hedef, strateji ve ilkelere uygun olarak karar almak.
b) Enstitünün idari, mali ve teknik yönden düzenli, verimli ve etkin faaliyette bulunabilmesi için gerekli tedbirleri almak.
c) Enstitünün, personel değerlendirme kriterlerini, iş tanımlarını, görevlere karşılık gelen pozisyonları görüşerek karara bağlamak.
ç) Enstitünün yıllık programını ve bütçe teklifini onaylamak.
d) Enstitünün yurt içindeki ulusal kuruluşlarla işbirliği yapması ve bu kuruluşlara üye olması için karar almak.
e) Enstitünün ilgili mevzuat hükümleri uyarınca yurt dışındaki uluslararası kuruluşlara üye olmasına, bunlarla ve yurt içindeki kuruluşlarla işbirliği yapmasına karar vermek.
f) Enstitü Başkanlığının ve birimlerinin çalışma usul ve esasları, görev ve yetkilerine ilişkin düzenlemeleri yürürlüğe koymak.
g) Mevzuatla verilen diğer görevleri yapmak.
(3) (Değişik:RG-8/4/2020-31093-CK-58/11) Yönetim Kurulu, altı ayda bir olmak üzere Enstitü Başkanının daveti üzerine olağan toplanır ve toplantıya katılanların salt çoğunluğu ile karar verir. Yönetim Kurulu, olağan toplantılar dışında gerekli görülen hallerde Başkanın çağrısı üzerine de toplanabilir.