Genel Müdürlüğün hizmet birimleri şunlardır:
a) Uçuşa Elverişlilik Daire Başkanlığı.
b) Uçuş Operasyon Daire Başkanlığı.
c) Hava Ulaşım Daire Başkanlığı.
ç) Hava Seyrüsefer Daire Başkanlığı.
d) Hava Alanları Daire Başkanlığı.
e) Havacılık Güvenliği Daire Başkanlığı.
f) Sektörel Düzenleme ve Eğitim Daire Başkanlığı.
g) Strateji Geliştirme Daire Başkanlığı.
ğ) Personel Müdürlüğü.
h) Destek Hizmetleri Müdürlüğü.
ı) Hukuk Müşavirliği.