Denetim ve Uyum Yönetimi Daire Başkanlığının görevleri şunlardır:
a) Uyum bozukluklarını tespit ve analiz etmek, çözümler üretmek suretiyle mükelleflerin vergi kanunlarına gönüllü uyumunu sağlamak.
b) Uygulama ve Veri Yönetimi Daire Başkanlığında ve Risk Analizi Daire Başkanlığında oluşacak bilgileri değerlendirerek vergi incelemesine yetkili birimlerin ve gerekli hallerde ilgili kamu kurumlarının kullanımına sunmak.[47]
c) Vergi kayıp ve kaçağı ile mücadele etmek, bu konuda gerekli tedbirleri önermek ve çalışmaları yapmak.
ç) Vergi inceleme ve denetimleri ile ilgili görüş ve önerilerde bulunmak.
d) Vergi yükümlülüklerine ilişkin ihbar ve şikayetleri değerlendirmek.
e) Başkanlığın görev alanına giren konularda 1/6/1989 tarihli ve 3568 sayılı Serbest Muhasebeci Mali Müşavirlik ve Yeminli Mali Müşavirlik Kanununun uygulanmasına ilişkin çalışmalar yapmak ve tereddütleri gidermek.
f) Tek düzen hesap planı ve mali tablolara ilişkin çalışmalar yapmak veya yapılmasına katkıda bulunmak.
g) Muhasebe standartlarının belirlenmesine ilişkin çalışmalara katılmak ve görüş bildirmek.
ğ) Başkanlıkça verilecek diğer görevleri yapmak.