(1) Ajansların ulusal düzeyde koordinasyonundan Sanayi ve Teknoloji Bakanlığı sorumludur.
(2) Sanayi ve Teknoloji Bakanlığı;
a) Bölgeler arası ve bölge içi gelişmişlik farklarını azaltıcı tedbirleri alır; plânlama, programlama ve projelendirme konularında ajanslara rehberlik ve danışmanlık yapar, plân ve programların uygulanmasını izler ve değerlendirir.
b) Ajansların kurumsal performansları ile yürütülen programların performanslarının ölçülmesine dair usul ve esasları belirleyerek, bunların değerlendirmesini yapar veya yaptırır.
c) Bölgesel gelişmeye yönelik iç ve dış kaynaklı fonların ajanslara tahsisi ile bunların kullanımına ilişkin usul ve esasları belirler.
ç) Ajanslar arası işbirliğini sağlar ve ortak proje üretimini destekler.
d) Ajansların işlevlerini etkili ve verimli olarak yerine getirebilmesi için merkezî düzeyde ilgili ulusal ve uluslararası kurum ve kuruluşlarla işbirliği ve koordinasyonu sağlar.[70]
e) Ajansların yıllık çalışma programlarını onaylar.
g) Plân ve programlara, yapılacak desteklere, personelin nitelik ve istihdamına, bütçe ve muhasebe standartlarının kullanımına, faaliyet raporlarına, izleme, değerlendirme ve denetime ilişkin esas ve usuller ile yatırım destek ofislerinin çalışma usul ve esaslarını ilgili kamu kurum ve kuruluşlarının görüşünü alarak belirler.[71]