‒ (1) Enstitü Başkanlığı, Enstitünün yürütme organı olup Başkan ve Başkan Yardımcısı ile Politika Geliştirme Koordinatörlüğü, Proje Geliştirme ve Uygulama Koordinatörlüğü, Eğitim ve Yayın Koordinatörlüğü ve İdari ve Mali İşler Koordinatörlüğü birimlerinden oluşur. Enstitü Başkanı, Enstitünün idari birimlerinin en üst amiridir.[124][
(2) Enstitü Başkanının görev ve yetkileri şunlardır:
a) Başkanlık hizmetlerini mevzuata, Enstitünün amaçlarına, stratejik planına, performans kriterlerine ve hizmet kalite standartlarına uygun olarak yürütmek ve Enstitü organları ile Başkanlık arasında koordinasyon sağlamak.
b) Enstitüyü temsil etmek.
c) Yönetim Kurulunun aldığı kararları uygulamak.
ç) Enstitü personelinin atama işlemlerini yürütmek.
d) Enstitünün yıllık çalışma raporu, araştırma ve iş programı ile bütçesini hazırlamak.
e) Yapılacak bağışları kabul etmek, sponsorluk ile ilgili faaliyetleri yürütmek.
f) Yönetim Kurulu toplantılarının gündemini belirlemek.
g) Yönetim Kurulu ve Yönlendirme Komitesi tarafından verilen benzeri görevleri yapmak.
ğ) Mevzuatla verilen diğer görev ve hizmetleri yapmak.
(3) Başkana yardımcı olmak üzere bir Başkan Yardımcısı atanır. Başkan Yardımcısı, Başkan tarafından verilen görevleri yerine getirir ve Başkana karşı sorumludur.
(4) Yönlendirme Komitesinin ve Yönetim Kurulunun sekretarya işleri Enstitü Başkanlığı tarafından yürütülür.