25/1/2006 tarihli ve 5449 sayılı Kanunda sayılan gelirlere ilave olarak ajansın gelirleri ve yöneteceği fonlar şunlardır:[82]
a) Bir önceki yıl gerçekleşen genel bütçe vergi gelirleri tahsilatından, vergi iadeleri ile mahallî idarelere ve fonlara aktarılan paylar düşüldükten sonra kalan tutar üzerinden, binde beş oranında her yıl ayrılacak transfer ödeneğinden, Cumhurbaşkanlığınca her bir ajans için nüfus, gelişmişlik düzeyi, performans ölçütleri ve desteklenebilecek proje kapasitesine veya acil nitelikteki kaynak ihtiyacına göre belirlenecek pay.[83]
b) Avrupa Birliği ve diğer uluslararası fonlardan sağlanacak kaynaklar.
c) Faaliyet gelirleri.
d) Ulusal ve uluslararası kurum ve kuruluşlarca yapılan bağış ve yardımlar.
e) Bir önceki yıldan devreden gelirler.