(1) Ajans, Cumhurbaşkanlığınca bu Bölümde belirtilen ölçütlere göre her yıl haziran ayında genel bütçeden ajanslara yapılacak transferlere ilişkin gösterge niteliğinde belirlenen payların tavanları ile diğer gelir kalemlerine ilişkin tahminleri dikkate alarak bir sonraki yılın bütçesini hazırlar. Ulusal ve bölgesel düzeydeki plân ve programlar dikkate alınarak genel sekreterlikçe hazırlanacak bütçe taslağı ve çalışma programı, ağustos ayı başında yönetim kuruluna sunulur.
(2) Bütçe taslağı yönetim kurulunca kabul edildikten sonra çalışma programı ile birlikte en geç eylül ayı başına kadar görüş alınmak üzere Sanayi ve Teknoloji Bakanlığına gönderilir. Bütçe, yılı Merkezi Yönetim Bütçe Kanununun yürürlüğe girdiği tarihten itibaren onbeş gün içinde kesinleştirilerek Sanayi ve Teknoloji Bakanlığına sunulur.
(3) Bu Bölümde belirtilen ölçütlere göre yapılacak transfer ödeneği, Sanayi ve Teknoloji Bakanlığı bütçesinde gösterilir. Bu ödenek harcama programlarına göre Sanayi ve Teknoloji Bakanlığınca ajanslara kullandırılır.[84]
(4) Bütçenin kesinleşme tarihine kadar devam eden işler için yapılacak harcamalar yılı bütçesi ile ilişkilendirilir.