Başkanlığın hizmet birimleri şunlardır:
a) Avrupa Birliği ile İlişkiler Genel Müdürlüğü.
b) Malî İşbirliği ve Proje Uygulama Genel Müdürlüğü.
c) Yönetim Hizmetleri Dairesi Başkanlığı.
ç) Strateji Geliştirme Dairesi Başkanlığı.
d) Hukuk Müşavirliği.
e) Basın ve Halkla İlişkiler Müşavirliği.