(1) Devlet Su İşleri Genel Müdürlüğü bir Genel Müdürün idaresi altında merkez teşkilatı ile taşra teşkilatından teşekkül eder.[39]
(2) Genel Müdür bu Bölümde ve diğer mevzuatta belirtilen görevleri yerine getirir. Genel Müdüre görevlerinde yardımcı olmak üzere beş Genel Müdür Yardımcısı görevlendirilebilir.
(3) (Değişik:RG-21/11/2025-33084-CK-190/1 md.) Genel Müdürlüğün taşra teşkilatı bu bölüme ekli (I) sayılı Cetvelde gösterilen bölge müdürlüklerinden oluşur. Bakanlık tarafından bölge müdürlüklerine bağlı şube müdürlükleri, başmühendislikler ile bunlara bağlı şeflikler ve mühendislikler kurulabilir.
(4) Bölge müdürleri kendilerine bağlı teşkilatın amiri ve Genel Müdürlüğün temsilcisi olup bölgelerindeki uygulamalardan Genel Müdürlüğe karşı sorumludur.