Kurumun hizmet birimleri ve görevleri şunlardır:
a) Helal Akreditasyon Dairesi Başkanlığı: Helal uygunluk değerlendirme faaliyetleri yapan kuruluşların helal akreditasyon başvurularının incelenmesi ve sonuçlandırılması işlemlerini yapar. Akredite edilen kuruluşları izler ve denetler. Genel Sekreter tarafından verilen diğer görevleri yapar.
b) Uluslararası İlişkiler Dairesi Başkanlığı: Uluslararası ve bölgesel akreditasyon birlikleri ve örgütleri nezdindeki çalışmaları takip eder, gerekli hazırlıkları yapar. Helal akreditasyon alanındaki anlaşmaların ve sistemlerin oluşumuna ve yürütülmesine katkı sağlar. Diğer ülkelerdeki helal akreditasyon ile ilgili kurum ve kuruluşlarla ilişkiler kurar ve iş birliğini geliştirir. Karşılıklı tanıma anlaşmalarının imzalanmasına yönelik müzakereleri yürütür ve sonuçlandırır. Helal akreditasyon konusunda her türlü bilimsel ve teknik incelemeleri gerçekleştirir, helal akreditasyonun önemini artırıcı faaliyetler yapar, bu kapsamda eğitim verir, araştırma ve yayın yapar veya yaptırır, ulusal ve uluslararası kongre, seminer ve benzeri toplantılar düzenler. Genel Sekreter tarafından verilen diğer görevleri yapar.
c) Personel ve Destek Hizmetleri Dairesi Başkanlığı: Kurumun insan gücü planlaması ile insan kaynakları sisteminin geliştirilmesi ve performans ölçütlerinin oluşturulması konusunda çalışmalar yapar. Kurum personelinin atama, eğitim, nakil, terfi, emeklilik ve benzeri özlük işlemlerini yürütür. Kurumun ihtiyacı olan bilgi işlem, yapım, satın alma, kiralama, bakım ve onarım ve benzeri her türlü idari, bütçe ve mali hizmetleri gerçekleştirir. Kurumun taşınır ve taşınmazlarına ilişkin işlemleri ilgili mevzuat çerçevesinde yürütür. Kurumun genel evrak ve arşiv faaliyetlerini düzenler ve yürütür. Kurumun sivil savunma ve seferberlik hizmetlerini planlar ve uygular. Kurumun yürürlüğe koyacağı düzenleyici işlem çalışmalarında destek hizmetlerini sunar. Helal akreditasyon alanında bütün taraflarla yapılan sözleşmelerin gereklerini yerine getirir. Genel Sekreter tarafından verilen diğer görevleri yapar.