Muhasebe Şube Müdürlüğünün görevleri şunlardır:
a) Teşkilat Başkanlığının tahsilat, tahakkuk, harcama ve ödeme ile ilgili işlerini yapmak ve muhasebesini yürütmek.
b) Teşkilat Başkanlığının görev ve yetkileri ile ilgili konularda yönetmelikte öngörülecek veya Teşkilat Başkanı tarafından verilecek diğer görevleri yapmak.