Millî Güvenlik Kurulu Genel Sekreteri, Genel Sekreterliğin en üst amiri olup Genel Sekreterliğin görevlerini, Cumhurbaşkanının emir ve yönlendirmeleri doğrultusunda mevzuat hükümlerine, devletin millî güvenlik siyasetine uygun olarak yürütmekle görevlidir. Genel Sekreter, Cumhurbaşkanına karşı sorumludur.