Bu Kanunun 11, 13, 14 ve 15 inci maddeleri ile 17 nci maddenin (4) numaralı fıkrasının (s) bendi uyarınca vergiden istisna edilmiş bulunan işlemlerle ilgili fatura ve benzeri vesikalarda gösterilen Katma Değer Vergisi, mükellefin vergiye tabi işlemleri üzerinden hesaplanacak Katma Değer Vergisinden indirilir. Vergiye tabi işlemlerin mevcut olmaması veya hesaplanan verginin indirilecek vergiden az olması hallerinde indirilemeyen Katma Değer Vergisi, işlemin gerçekleştiği dönemi izleyen ikinci takvim yılının sonuna kadar talep edilmesi şartıyla Maliye ve Gümrük Bakanlığınca, tespit edilecek esaslara göre bu işlemleri yapanlara iade olunur. [88][89]
(Ek fıkra: 25/12/2003-5035/10 md.) Maliye Bakanlığı katma değer vergisi iadesini, hak sahiplerinin vergi ve sosyal sigorta prim borçları ile genel ve katma bütçeli daireler ile belediyelere olan borçlarına ya da döner sermayeli kuruluşlar ile sermayesinin % 51'i veya daha fazlası kamuya ait olan veya özelleştirme kapsamında bulunan işletmelerden temin ettikleri mal ve hizmet bedellerine ilişkin borçlarına mahsup suretiyle sınırlamaya; imalatçılar tarafından yapılan ihracat işlemlerinden kaynaklanan iadelerde, yüklenilen katma değer vergisi yerine sektörler itibarıyla ihracat bedelinin belli bir oranına kadar iade yaptırmaya yetkilidir.[90]