Aşağıdaki vergiler mükellefin vergiye tabi işlemleri üzerinden hesaplanan katma değer vergisinden indirilemez:[84][85]
a) Vergiye tabi olmayan veya vergiden istisna edilmiş bulunan malların teslimi ve hizmet ifası (Bu Kanunun 17 nci maddesinin (2) numaralı fıkrasının (b), (c) ve (d) bentleri ile (4) numaralı fıkrasının (ı) ve (ö) bentleri uyarınca katma değer vergisinden istisna edilen işlemler hariç) ile ilgili alış vesikalarında gösterilen veya bu mal ve hizmetlerin maliyetleri içinde yer alan katma değer vergisi,
b) (Değişik : 3/6/1986 - 3297/10 md.) Faaliyetleri kısmen veya tamamen binek otomobillerinin kiralanması veya çeşitli şekillerde işletilmesi olanların bu amaçla kullandıkları hariç olmak üzere işletmelere ait binek otomobillerinin alış vesikalarında gösterilen katma değer vergisi,
c) (Değişik: 16/7/2004-5228/17 md.) Deprem, sel felaketi ve Maliye Bakanlığının yangın sebebiyle mücbir sebep ilân ettiği yerlerdeki yangın sonucu zayi olanlar hariç olmak üzere, zayi olan mallara ait katma değer vergisi, (Ek parantez içi hüküm: 29/3/2018-7104/9 md.) (Şu kadar ki Vergi Usul Kanununun 315 inci maddesine göre Maliye Bakanlığınca belirlenen faydalı ömürlerini tamamladıktan sonra zayi olan veya istisna kapsamında teslim edilen amortismana tabi iktisadi kıymetlere ilişkin yüklenilen katma değer vergisi ile faydalı ömrünü tamamlamadan zayi olan veya istisna kapsamında teslim edilen amortismana tabi iktisadi kıymetlere ilişkin yüklenilen katma değer vergisinin kullanılan süreye isabet eden kısmı indirilebilir.)
d) Gelir ve Kurumlar Vergisi kanunlarına göre kazancın tespitinde indirimi kabul edilmeyen giderler dolayısıyla ödenen katma değer vergisi. (Ek hüküm: 15/7/2016-6728/44 md.) (5520 sayılı Kanunun 13 üncü maddesine göre transfer fiyatlandırması yoluyla örtülü olarak dağıtılan kazançlar ile Gelir Vergisi Kanununun 41 inci maddesinin birinci fıkrasının (5) numaralı bendine göre işletme aleyhine oluşan farklara ilişkin ithalde veya sorumlu sıfatıyla ödenen katma değer vergisi ile yurt içindeki işlemlerde mal teslimi veya hizmet ifasında bulunan mükellefler tarafından ilgili vergilendirme döneminde beyan edilerek ödenen katma değer vergisi hariç)[86]
e) (Ek: 29/3/2018-7104/9 md.) Vergi Usul Kanununun 322 nci maddesine göre değersiz hale gelen alacaklara ilişkin alıcı tarafından ödenmeyen katma değer vergisi.[87]